L’origine della Parrocchia di Pantigliate è antichissima e di difficile ricostruzione, perché non sono state lasciate memorie scritte o documenti fino al 1572. Successivamente sono stati tenuti più o meno bene i registri dei battesimi e dei matrimoni. L’antichità della sua vecchia chiesa ci fa ritenere che l’origine risalga all’XI secolo. Fin dalla sua istituzione la Parrocchia dipendeva dalla Pieve di Segrate. Questo fino al 1971, quando la Diocesi ha ristrutturato la sua organizzazione, creando i Decanati al posto delle Pievi (chiamati anche Vicariati). La Parrocchia fa ora parte del Decanato di Peschiera Borromeo.
Dal 1585 Pantigliate ha avuto 31 parroci compreso l’attuale Don Edoardo Colombo, senza contare i numerosi Vicari che di tanto in tanto reggevano la Parrocchia nei momenti de sede vacante. La Parrocchia è dedicata a Santa Margherita; la chiesa parrocchiale dal tempo di Don Longa è anche Santuario della Madonna della Provvidenza, perché in essa viene accolto il famoso quadro della Madonna fatto dipingere alla fine del 1800 e offerto alla venerazione dei fedeli.