Una vasta distesa palustre chiamata Lago Gerundo e una zona acquitrinosa circostante hanno determinato il nome del paese. Dal latino palus (palude) si passa al toponimo Paullum nell'anno 1140, quindi Padule (per metàtesi da palude) nell'anno 1174, poi Paule e infine Paullo. L'analisi dei toponimi locali e i recenti ritrovamenti archeologici testimoniano la presenza di insediamenti celtici e, successivamente, la completa romanizzazione del territorio. La stessa conformazione dell'abitato riconduce a un impianto simmetrico tipicamente romano, ma il nome definitivo risalirebbe all'Alto Medioevo. Notevole importanza rivestirono successivamente gli insediamenti dei Benedettini e degli Umiliati. Intorno al 1540 il feudo di Paullo passa dai feudatari Carcassola ai principi Tassi (o Tassis) di Napoli. Il paese, seguendo l'evoluzione storica del territorio lombardo, partecipa quindi attivamente alle Cinque Giornate di Milano (1848), con una quarantina di volontari. Con l'Unità d'Italia la storia di Paullo si confonde con quella nazionale.